O Tribunal de Contas, no relatório referente à auditoria ao modelo de financiamento do ensino superior, refere que esse financiamento "não está de acordo com a evolução do ensino superior em Portugal e na Europa".
A auditoria analisa o contrato da legislatura, celebrado entre o Governo, Conselho de Reitores das Universidades Portuguesas (CRUP) e Conselho Coordenador dos Institutos Superiores Politécnicos (CCISP). No entender do Tribunal de Contas a fórmula da lei de bases do financiamento foi ignorada.
Recorde-se que a Lei de Bases, de 2003, define o modelo de financiamento das instituições. Segundo o Tribunal de Contas, algumas dessas regras foram "ignoradas", nomeadamente a fórmula de financiamento assim como os critérios de qualidade e desempenho, por isso recomenda ao ministro da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior, Manuel Heitor, que passe a assegurar o cumprimento daquela lei ou então que a altere.
Na sua auditoria, o Tribunal de Contas fez também considerandos sobre os reforços anuais, argumentando que "a metodologia de cálculo não foi (...) objeto de adequada divulgação, a que acrescem divergências quanto aos montantes atribuídos, evidenciando deficiente articulação entre as entidades envolvidas e a inexistência de uniformidade, detalhe e clareza na informação que reportam, o que não confere transparência ao financiamento".
Em resposta enviada à comunicação social, o Ministério da Ciência e Ensino Superior esclarece que "o relatório do Tribunal de Contas não aponta qualquer ilegalidade no processo de financiamento do ensino superior, fazendo antes uma avaliação geral de índole política, gerando consequentemente um forte impacto mediático que não tem relação com as evidências dos factos comentados. O relatório mostra ainda um desalinhamento de fundo entre as conclusões e o processo associado à elaboração e implementação dos "contratos de legislatura" firmados entre o Governo e as instituições de ensino superior".
Na nota enviada ao Ensino Magazine, o Ministro Manuel Heitor esclarece que "a Lei de Bases do financiamento do ensino superior tem sido integralmente cumprida" e que a "transparência e o detalhe da execução do programa orçamental são adequados, sendo públicos e escrutináveis, não existindo no relatório qualquer facto que indicie a violação destes princípios". Diz ainda que "os resultados do acompanhamento e controlo de execução orçamental têm sido, aliás, devidamente divulgados, tendo o grupo de monitorização dessa execução, o qual foi, entretanto, criado por lei, elaborado e publicado informação periódica sobre a execução orçamental das instituições de ensino superior públicas, que estão, e sempre estiveram, acessíveis na Internet".
Manuel Heitor reitera que "a revisão do regime legal do financiamento do ensino superior não tem sido considerada uma prioridade política e não faria sentido ser assumida nesta fase, não tendo, aliás, sido incluída nos últimos Programas de Governo aprovados pela Assembleia da República". Para o governante, os "contratos de legislatura não são o instrumento de concretização do financiamento estatal, como referido pelo Tribunal de Contas, uma vez que tal instrumento é o Orçamento de Estado de cada ano. Os contratos de legislatura são um elemento efetivo de garantia da estabilidade e, sobretudo, da previsibilidade desse financiamento, de forma a estimular planos plurianuais de governança das instituições, reforçando uma relação de confiança entre o Estado, através do Governo, as instituições e os estudantes".
O ministro revela também que "esses planos plurianuais são estabelecidos, naturalmente, para o período de uma legislatura, no âmbito do regime democrático que devemos preservar e valorizar". Por outro lado, diz que "os valores fixados para o financiamento público base de cada instituição decorrem efetivamente do seu histórico, o qual foi fixado nos termos previstos na Lei de Bases do Financiamento do Ensino Superior e de acordo com o previsto (i.e., aplicação de fórmula, como definido em 2007). Assim, ao contrário das afirmações incluídas no relatório do Tribunal de Contas, os contratos de legislatura assinados entre o Governo e as Universidades e os Politécnicos públicos em 2016 limitaram-se a acordar a manutenção da distribuição relativa usada desde 2007 e a assumir os termos da evolução dessa distribuição durante a legislatura".