A junção do Ministério da Educação com o da Ciência e Ensino Superior acrescenta um secretário de Estado aos três existentes nos anteriores governos e muda os nomes das respetivas pastas.

O novo ministro, Nuno Crato, passa a ter um secretário de Estado do Ensino e da Administração Escolar, João Casanova de Almeida (CDS-PP), e uma secretária de Estado do Ensino Básico e Secundário, Isabel Maria Santos Silva.

João Casanova de Almeida foi chefe de gabinete do grupo parlamentar do CDS-PP e é licenciado Ciências da Educação, Administração e Gestão Escolar.

Isabel Maria Santos Silva é professora auxiliar no departamento de Psicologia da Universidade de Évora, sendo doutorada em Psicologia, pela mesma universidade, sobre os processos cognitivos e conhecimentos envolvidos nas etapas iniciais da aprendizagem da leitura.

Desde 2009, a nova secretária de Estado do Ensino Básico e Secundário integra o grupo de trabalho responsável pelo estudo psicolinguístico para "Estabelecimento de níveis de referência na aprendizagem da leitura e da escrita do 1.º ao 6.º ano de escolaridade", realizado no âmbito do programa de acompanhamento e de monitorização do Plano Nacional de Leitura.

O novo secretário de Estado do Ensino Superior é o professor catedrático do Departamento de Matemática da Universidade de Coimbra João Filipe Rodrigues Queiró, enquanto que a Ciência fica a cargo da professora universitária Maria Leonor Parreira, da Faculdade de Medicina da Universidade de Lisboa.

João Filipe Rodrigues Queiró já foi presidente da Comissão Científica do Departamento de Matemática da FCTUC e membro do Board da International Linear Algebra Society. Foi também presidente do Centro de Matemática da Universidade de Coimbra e vice-presidente do Centro Internacional de Matemática.

Além de professora universitária, Maria Leonor Parreira trabalha no Instituto de Medicina Molecular e é investigadora do Instituto Gulbenkian Ciência.

No anterior Governo, existiam igualmente duas secretarias de Estado no Ministério da Educação, mas com pastas diferentes das atuais - da Educação e outra de Adjunto e da Educação. Quanto ao anterior Ministério da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior, tinha apenas uma secretaria de Estado do Ensino Superior.