O Professor Layton recebe uma carta de um outro arqueólogo, o Professor Desmond Sycamore. Nessa carta, Sycamore afirma ter descoberto uma "múmia viva" e convida Layton a confirmar com os seus próprios olhos. Intrigado, o professor e os companheiros, Luke e Emmy, dirigem-se para a cidade de Froenborg para investigarem esse caso insólito. O jogo contém o maior número de quebra-cabeças de qualquer outro da série. São mais de 150, os quebra-cabeças novos que encontras ao longo da história principal, a que podes juntar os 385 disponíveis diariamente, durante um ano, através da Nintendo Network.